Real time PCR - opdrachten

7 belangrijke vragen over Real time PCR - opdrachten

101. Waarom is het belangrijk om een qPCR in een vroeg stadium te analyseren zodra het fluorescerende signaal detecteerbaar is?

Je weet dan zeker dat je in de exponentiële fase van de PCR amplificatie zit en de hoeveelheid PCR product nog evenredig is met de hoeveelheid startmateriaal.

104) In dezelfde ‘Instruction Manual’ staat bij de GUIDELINES: TARGET IDENTIFICATION het onderstaande stukje tekst. Waarom wordt geadviseerd om geen kleinere producten dan 75 nucleotiden te amplificeren? Welk risico loop je wellicht?

Bij kleinere producten kun je geen onderscheid meer maken tussen je product en eventuele gevormde ongewenste primerdimers.

108. Noem tenminste drie voordelen van de kwantitatieve PCR (qPCR).

  • PCR product hoeft na afloop van de PCR reactie niet geanalyseerd te worden
  • Omdat het reactievaatje niet meer geopend hoeft te worden voor een post-PCR analyse is de kans op contaminatie van andere monsters in het laboratorium met PCR producten veel kleiner.
  • De hoeveelheid gevormd PCR product wordt tijdens de exponentiële fase van de PCR reactie bepaald, wat het mogelijk maakt om het startmateriaal te kwantificeren.
  • Doordat verschillende PCR producten met verschillende fluorophores gelabeld kunnen worden, kunnen in één reactie meerdere PCR producten tegelijkertijd gedetecteerd worden. 
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart

110. qPCR detectie is gebaseerd op fluorescentie. Noem twee voorwaarden voor deze detectie?

  • De gevormde PCR producten moeten fluorescent gelabeld zijn.
  • De hoeveelheid fluorescentie in het cupje is proportioneel aan de hoeveelheid aanwezig PCR product.

111. De werking van de qPCR gebaseerd op fluorescentie heeft als voorwaarde dat er alleen fluorescentie mag worden gedetecteerd als er PCR product gevormd is. Om ervoor te zorgen dat er geen fluorescentie gedetecteerd wordt als er geen product gevormd is wordt veelal gebruik gemaakt van FRET (Forster Resonance Energy Transfer).
A. Wat is het principe van FRET?
B. Wat is een quencher?
C. Leg uit waarom een fluorophore en een quencher op elkaar afgestemd moeten zijn?

  • Het principe van FRET is dat de energie van een fluorophore kan worden overdragen naar een andere molecuul. 107
  • Een quencher vangt de fluorescentie weg van de fluorophore. Een quencher kan deze omzetten in een fluorescent signaal van een andere golflengte, maar ook in warmte.
  • Een quencher kan slechts licht van een bepaalde golflengte opnemen. Afhankelijk van welke kleur (golflengte) de fluorophore exciteert zal hierop de quencher afgestemd moeten worden.

112. SYBR® Green wordt gebruikt voor directe detectiemethode bij qPCR.
A. Noem een voordeel van het gebruik van SYBR® Green
B. Wat is tevens het grote nadeel hiervan?

.A. SYBR Green heeft geen voorkeur voor een sequentie en zal aan elk ontstane PCR product binden.
B. Ook ongewenste aspecifieke PCR producten en primerdimers zullen SYBR Green binden en een fluorescerend signaal opleveren.

114. Leg uit waarom indirecte detectiemethodes met behulp van probes specifieker zijn dan een directe detectie methode met behulp van SYBR® Green bijvoorbeeld ?

Indirecte detectiemethodes zijn specifieker aangezien de detectie gebaseerd is op de binding van een specifieke probe op een specifiek geamplificeerd stukje DNA. Een belangrijke voorwaarde is natuurlijk wel dat de probe pas mag fluoresceren als hij gehybridiseerd (gebonden) is met het target DNA (het PCR product in dit geval).

De vragen op deze pagina komen uit de samenvatting van het volgende studiemateriaal:

  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers waar je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo